根據國務院《殯葬管理條例》第八條規定：“建設殯儀服務站、骨灰堂，由縣級人民政府和設區的市、自治州人民政府的民政部門審批”。第九條規定：“任何單位和個人未經批準，不得擅自興建殯葬設施”。民政部《關于貫徹執行<殯葬管理條例>中幾個具體問題的解釋》（民事發[1998]10號）“興建冠以殯儀館、火葬場、骨灰堂、公墓、殯儀服務站等名稱的單位，必須經民政部門審批；不直接冠以殯葬設施名稱但從事殯葬服務項目的，該項目也必須經民政部門審批”。

因此寺廟未經批準擅自修建骨灰堂并存放骨灰的行為違反了《殯葬管理條例》，根據《殯葬管理條例》第十八條規定，由民政部門會同建設、土地行政管理部門予以取締，責令恢復原狀，沒收違法所得，可以并處違法所得1倍以上三倍以下的罰款。